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DNA纯化——PCR产物纯化

更新时间:2021-11-10      点击次数:2379

一、产物直接纯化

PCR扩增完成后需要进行琼脂糖凝胶电泳检测,在条带单一无其他杂带的情况下,可以直接对产物进行纯化,常见的纯化方法有:

 

1、硅胶层析柱法

原理:大多数离心柱中吸附DNA的是一层硅胶膜,实际上就是一层玻璃纤维,其表面有大量修饰的硅羟基(Si-OH),硅羟基在溶液中解离后带负电,然后与带正电盐离子、带负电DNA形成电桥,从而吸附住DNA,使得DNA双链变单链,不会被生物大分子溶剂洗脱,但能经水溶性缓冲液水化后,被定量回收,从而实现纯化分离。

 

图1 硅胶层析原理示意图

 图2 硅胶层析流程简图

 

2、磁珠法(abs60151)

原理:磁珠是有磁性的能吸附DNA的物质,其内部核心是铁离子,在磁场作用下可以吸附在磁体上。在核心外,经过羧化,带有羧基基团,在特定的离子条件下,可以与DNA结合。结合后,在外磁场的作用下,磁珠与DNA结合体移动到磁体周围,可以很方便去除其他多余的液体,这时,不能与磁珠结合的所有杂质都随水溶液一并去除。然后,在洗脱条件下,DNA与磁珠分离,溶解在水中,将溶解有DNA的溶液转移,就得到了纯化后的DNA样本。

 

图3 磁珠法结构示意图

 图4 磁珠法纯化DNA流程简图

 

3、其他纯化方法

①渗透液结合醇沉纯化

原理:利用分子大小不同,小分子的物质能够通过渗透膜溶解到大量的溶液中去,而大分子的物质不能通过渗透膜,所以继续留存在透析袋中,通过乙醇沉淀最后达到去除小分子物质,得到纯化的有机大分子的效果。

②直接沉淀纯化

原理:DNA分子在高盐离子醇溶液中会被沉淀出来,而其他物质继续溶液在溶液中,沉淀出来的DNA分子经过离心与溶液成分分开,达到纯化的目的。
 

不同纯化方法对比

纯化方法

硅胶层析柱法

磁珠法

渗透液纯化

沉淀纯化

纯化介质

硅胶膜

磁珠

渗透膜

乙醇/异丙醇

优势

操作简便、快速、安全,产物纯度高随时用于下游实验

产物纯度高;通量高,可实现自动化;操作简便、快速、安全;高灵敏度

样本处理体积灵活,产量高,成本低

劣势

存在堵柱风险;对样本起始量有限制;难以实现自动化操作,大批量处理费时费力;小于100bp的DNA段难以吸附

需要搭配磁力架或者仪器使用,成本较高;部分DNA难以被抓取导致回收率低;小于100bp的DNA段难以吸附

安全性低,无法进行高通量提取、纯度较低

选择依据

样本起始量较充足,但数量不多,需要操作简便省时,且提取出的DNA能用于绝大多数下游实验的实验室

下游需要高纯度的DNA,需要大批量处理,能够支持自动化提取的实验室

时间充足,样本量充足,想节省成本的实验室

 

二、凝胶回收纯化

如电泳检测结果存在非特异性条带,则需要将目的条带切出来,再用胶回收试剂盒(abs60098)对凝胶进行回收纯化,相较于直接纯化,只是多了一步溶胶的过程,相应的产物纯度提高,回收率则下降。

 

结语:

在PCR扩增完成后,反应体系中除了DNA段,还存在离子、dNTP、引物及聚合酶等物质,这些物质会影响后续克隆测序等实验,因此对其产物进行纯化是必*步骤,不同的纯化手段各有自己的优缺点,老师们可以根据自己的需求选择适合自己的方法。

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